Подготовка специалистов в области зооинженерии в Азербайджане началась в 1926 году с создания в Политехническом институте кафедры животноводства.
В то время для решения проблемы было важно подготовить высококвалифицированных специалистов, так как необходимо было повысить продуктивность местного малопродуктивного крупного рогатого скота, овец, других животных и птиц. Поэтому в 1932 году на базе кафедры животноводства Азербайджанского сельскохозяйственного института был создан Институт ветеринарной медицины. Спустя год институт был объединен с Азербайджанским сельскохозяйственным институтом. В Институте ветеринарной медицины было два факультета: зоотехнический и ветеринарный.
Первым деканом зоотехнического факультета стал выпускник сельскохозяйственного факультета академик Ф.А. Маликов. С первых дней профессорско-преподавательский состав факультета наряду с учебным процессом проводил еще и научно-исследовательскую работу. Первая научная работа начинается с экспедиционного изучения животноводческой ситуации в стране. В ходе поиска было собрано много важной информации и на ее основе был разработан и реализован план действий по дальнейшему развитию животноводства.
В разные годы факультет зооинженерии возглавлялиАкадемик Ф.А. Маликов, профессора С.М. Ахундов, А.А. Агабейли, Р. Х. Саттарзаде, К. Б. Агаларов, З. Г. Вердиев, Г. Г. Абдуллаев, доценты Ф. Р. Абдинов, Гулиев С.М., Гаджиев Х.М., М. Мехтиев, Ф. А. Мамедов, П. А. Джафаров.
Академик Ф.А. Маликов, член-корреспондент АН А.А. Агабейли, профессор М. Садыгов, К. Ахундов, Р. Саттарзаде, З. Вердиев, Р. Мехтиев, Т.М. Турабов, К.Б. Агаларов, М. Абдуллаев, Q.Q. Абдуллаев, доценты Ф.А. Мамедов, И. Гусейнов, П.А. Джафаров, Х. Байрамов, Х. Гаджиев, Х.А. Дамиров и другие.
В результате их напряженной работы, тысячи высококвалифицированных зоотехников прошли обучение и десятки ученых прошли обучение, многие из которых до сих пор успешно работают в университетах, научно-исследовательских институтов и промышленности. В те годы на факультете зооинженерии работали 4 доктора наук, профессора, 32 кандидата наук, доценты и старшие преподаватели.
На факультете две кафедры: животноводства и кормления, технологии животноводства.
В 1997 году на факультете началась подготовка по новой специальности - «товароведение непродовольственных товаров».
В результате селекционно-племенной работы, проведенной преподавателями факультета, академиком Ф.А. Маликовым, лауреатом Государственной премии М.Х. Садыговым совместно с местными специалистами, была создана порода овец «Азербайджанский горный меринос», благодаря кропотливому труду профессоров А.А. Агабейли, Ж.М. Ахундова, Т.М. Турабова, доцентов И.А. Гусейнова и С.М. Гулиева была создана «Азербайджанская порода буйволов», порода КРС "Бурый Кавказ" создана в результате целенаправленных исследований Ш.А. Расизаде, С.А. Годжаева. В последующие годы наследники школ А.А. Агабейли и Ю.М. Ахундова провели значительную работу по совершенствованию породы буйволов на основе генетической селекции, развитию ее в молочном направлении. Неслучайно профессор Т.М. Турабов был избран национальным координатором и членом Федерации буйволов Всемирного центра буйволов ФАО ООН в Италии в 1997 году.
Ученые Ф.А. Мамедов, А.И.Мехдиев и Р.Р. Фарзалиева под руководством заслуженного деятеля науки, профессора Я.М. Ахундова изучили химические и физико-технологические свойства буйволиного молока и разработали технологию производства различных видов сыра, масла и сливок. Алиев и другие провели серьезные исследования в области улучшения карабахской лошади.
Учеными проблемной лаборатории «Гибридизация с зебу и крупным рогатым скотом» под руководством профессора Вердиева З.Г. в разных регионах созданы высокопродуктивные и устойчивые к болезням гибриды зебу.
Благодаря интенсивной работе заслуженного зоотехника, профессора Р.М. Мехтиева, профессора К.Б. Агаларова, доцентов П.А. Джафарова и А.М. Мамедова в развитии «нежного» и «помесошерстного» овцеводства была создана породная группа овец шерстяно-мясного направления.
За плодотворную научную деятельность в 2012 году профессор Г.Г. Абдуллаев был избран академиком Российской академии наук. Под его руководством защитили диссертации 10 человек.
Профессор Q.Q. Абдуллаев работает с учеными НИИ животноводства над проблемой восстановления и улучшения местных пород овец в западном регионе. В результате многолетней селекционно-племенной работы в ряде хозяйств Товузского района были созданы стада овец бозахского происхождения, которые были утверждены Союзом Азердамазлыг как образцовые племенные хозяйства, было разработано руководство и утверждено Министерством сельского хозяйства.
Кроме того, под руководством профессора Абдуллаева Г.Г. в совхозе Балаканского района восстановлена лезгинская порода овец.
Многие выпускники факультета успешно работают в ведущих учебных и научных учреждениях страны и за рубежом.
Вугар Багиров, выпускник Академии наук России, в настоящее время является генеральным директором Центра координации и управления аграрных наук Минобрнауки России.
Профессор Мубариз Насибов занимает высокую должность в Российском научно-исследовательском институте животноводства, доцент Асаф Рушанов является директором «Технологического колледжа» Нахчыванской АР и др.
Факультет сотрудничает со многими ведущими зарубежными университетами: Стамбульским университетом, Московской сельскохозяйственной академией им. К.А. Тимирязева, Московской ветеринарной академией, Российским институтом животноводства, Кубанским государственным аграрным университетом, Эрзурумским университетом Турции и другими.
В связи с сокращением набора студентов факультет был объединен с факультетом ветеринарной медицины в 2002 году и до 2020 года работал под названием «Ветеринарная медицина и зооинженерия». В 2020 году восстановлен факультет «Зооинженерия». Профессор Абдуллаев Г.Г. избран деканом факультета «Зоомеханика». В настоящее время на факультете успешно осуществляется обучение по специальностям «Зооинженерия» и «Рыболовство».